Под непосредственным руководством А. А. Борисяка в Академии наук СССР в 1929 г. были основаны Палеонтологический институт и музей. Многочисленные экспедиции института, направленные в разные концы обширной территории Союза, дали науке о развитии органической жизни прошлого богатейший фактический материал, послуживший основой для ряда работ самого А. А. Борисяка, его учеников и сотрудников.

Наряду с этими теоретическими исследованиями А. А. Борисяк уделял особое внимание применению достижений палеонтологии к поискам полезных ископаемых, в частности к разведке нефтяных месторождений.

Им была организована в Геологическом комитете палеонтологическая служба во всесоюзном масштабе.

В течение своей 30летней научной и педагогической деятельности в Ленинградском горном институте, а также в других вузах А. А. Борисяк создал многочисленные кадры учеников, ныне крупнейших советских геологов и палеонтологов.

Слабое здоровье не мешало ему находить время для неустанной деятельности на благо родины. Помимо работ по специальности, А. А. Борисяк всегда принимал самое активное участие в решении организационных вопросов общеакадемического и всесоюзного характера. Он был в течение ряда лет членом президиума Академии наук СССР, затем заместителем академика секретаря Отделения биологических наук, председателем библиотечной комиссии президиума, одним из руководителей XIV Международного геологического конгресса в Москве. Его научные труды пользовались широкой известностью за границей и заслуженным признанием иностранных палеонтологов и геологов.

В лице А. А. Борисяка Академия наук СССР и советская наука понесли тяжёлую утрату.

Комаров, Байков, Бардин. Богомолец, Волгин, Иоффе, Орбели, Бах, Обручев, Мещанинов, Вышинский, Лысенко, Образцов, Державин, Брицке, Ферсман, Чудаков, Митин, Степанов, Абрикосов, Белянкин, Вернадский, Заварицкий, Зернов и др.